故事围绕着圣杯之战开始的（圣杯是能够实现任何愿望的万能许愿机），圣杯之战讲的是由7七名由圣杯选出的魔术师被称为Master（每个Master手上都有3个咒令，这三个咒令，每用一次咒令可以强制使魔做一次事），与七名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组。

而该故事开始讲述了第四次圣杯大战结束了，一名男子（卫宫切嗣，第四次圣杯战争主角）在废墟中救了一名小孩，这个小孩就是本作的主角（卫宫士郎）并收养为义子。

本作主角因为深受养父的影响，渴望成为“正义的伙伴”而经常帮助有困难的人。

在一次帮助同学打扫弓箭部场地时，遇见两个使魔战斗，后被Lancer（枪兵）追击，偶然地与Servant中的剑士（Saber）定下契约，被卷入圣杯战争当中。